包括顾宪成、顾允成兄弟在内的许多廷臣，上奏阻止这一诏令的颁发。
神宗迫于公议，于二月间收回了三王并封之命。
不仅许多朝臣，就连神宗的母亲慈圣皇太后也坚持立长，因此到1601年（万历二十九年），神宗只得册立年届二十的皇长子朱常洛为太子。
神宗同时封朱常洵为福王，但又不让他到封地洛阳去，还以授给福王的土地不足四万顷为借口，继续将福王留在宫中。
当时东林党人叶向高为内阁大学士，上疏坚决反对。
在叶向高等人一再敦促下，1615年（万历四十三年）三月，万历帝让福王赴洛阳，授给他的庄田也削减了一半。
这就是“福王就国之争”。
福王朱常洵到封地之后，郑氏集团仍谋夺取皇位继承权，一再策划谋害太子朱常洛，因而发生了明末著名的宫廷三案；梃击案，红丸案，移宫案。
梃击
主词条：梃击案
梃击案发生于1615年（万历四十三年）五月。
一天，有个男子手持枣木棍，从东华门直奔内廷，闯入皇太子常洛居住的慈庆宫，打伤了守门的侍从，一直闯到前殿檐下才被抓住。
神宗下令审讯。
负责审问的浙党官吏，说这个名叫张差的男子是个疯颠病人，企图糊涂结案，而内阁首辅、浙党首领方从哲也不提出深究。
东林党人、刑部主事王之寀通过单独提审和与刑部许多官员共同审讯，迫使张差供出：
是名叫庞保和刘成的两个太监，“令我打上宫门，打得小爷（指太子），有吃有穿”。
这两个太监是郑贵妃宫内的。
朝中的东林党人和不少官员据此推断，这是出于郑贵妃及其兄郑国泰的阴谋，于是坚决要求彻底追究。
神宗只得亲自出面，在慈宁宫召见群臣，下令立即将张差斩首，又把郑贵妃宫内参与此事的两个太监在内廷打死，草草了结了这件大案。
而王之寀遭到反东林党一派官吏的攻击，神宗将他削职为民。
红丸
主词条：红丸案
1620年（万历四十八年）七月，神宗病死，皇太子朱常洛继位，是为光宗。
1620年（万历四十八年）八月，光宗得病，宫廷医生崔文升进了泄药，光宗服后病势加重。
鸿胪寺丞李可灼自称有“仙方”，光宗服了他进奉的两颗红丸后，不出一天，在1620年（万历四十八年）九月初一日突然驾崩，于是廷臣大哗。
首辅方从哲还拟旨赏赐李可灼白银五十两，更激起了朝臣的责难。
东林党人杨涟、惠世扬、高攀龙等先后上书，指出故意用泄药的崔文升是郑贵妃心腹，责问方从哲为什么加以庇护。
还联系梃击案，声称张差谋逆，是郑国泰主谋。
由于郑氏集团和方从哲的阻挠，此案未予追究，直到1624年（天启四年），朝廷才判处李可灼遣戍，崔文升贬谪到南京。
移宫
主词条：移宫案
光宗刚刚继位时，郑贵妃为了控制他，将自己宫中的李选侍（选侍是没有封号的宫嫔）送给光宗，很得光宗的宠爱。
光宗死后，由十六岁的皇长子朱由校继位，李选侍也应立即迁出宫内正殿乾清宫。
李选侍企图挟制朱由校以弄权，仍与朱由校住在乾清宫，不肯迁出。
她还让心腹太监盗窃宫中珍宝去贿赂首辅方从哲；又放出空气说皇长子年幼，宜由李选侍以太后身分垂帘听政。
东林党人杨涟、左光斗等人指出，皇长子已经成人，并揭露说，这是“将借抚养之名，行专制之实”。
惠世扬更大胆指斥“李选侍原为郑氏私人，丽色藏剑”，并指责方从哲通过内监得贿，同她勾结。
在这场争议中，郑贵妃、李选侍、方从哲不仅理亏，而且他们当时还没有掌握最高权力，所以东林党人终于占了上风。
李选侍移出了乾清宫，朱由校在东林党人支持下，摆脱了郑贵妃、李选侍的挟制，于1620年（万历四十八年）九月初六日即位，是为明熹宗。
争京察
在围绕皇位继承权进行争斗的同时，东林党人同反东林各派展开了尖锐的权力之争。
这表现于许多方面，主要是争“京察”。
京察是明代考核京官的一种制度，规定六年一次，称职者予奖或晋升，不称职者处罚或斥退。
争京察就是争朝廷的人事大权。
1605年（万历三十三年）的京察，由东林党人、吏部侍郎杨时乔主持。
他在京察中提出要处分的人，有几个是首辅沈一贯的党羽。
沈一贯的党羽钱梦皋等人受到包庇，未遭处分，而杨时乔反被严旨斥责。
不过，东林党人和其他一些朝臣一再奏劾沈一贯遍置私人、欺上瞒下，沈一贯也被迫谢病不出，于次年退休。
1611年（万历三十九年）京察时，东林党人、大学士叶向高主持朝政，这一次，齐、楚、浙、宣、昆等党一些人物被罢了官。
但在南京则出现了另一种局面。
原来明朝明成祖在1421年（永乐十九年）从南京迁都北京以后，仍在南京（时称留都）保留了一套中央官署。
这次在南京主持京察的，是齐、楚、浙党方面的官员，他们排斥了所有支持东林党领袖李三才的东林党一派的人。
1617年（万历四十五年）京察时，方从哲秉政，齐、楚、浙等党多居要职，于是又排斥了东林党人。
终万历一朝，东林党人大部分时间不掌握朝政，所以在京察中基本上处于不利的地位。
他们支持熹宗继位后，才受到重用。
1623年（熹宗天启三年），当时东林党人叶向高是首辅，赵南星则以左都御史身分参与主持京察，他痛斥齐党亓诗教、楚党官应震等人，坚决罢了他们的官。
政治思想
一、反对空幻虚无、谈空说玄。
东林学派以东林书院为阵地，通过讲学、论辩、研讨、撰文、出书，对王阳明“心学”及王学末流在道德修养和认识论方面宣扬的种种虚、空、玄的主张和说教进行猛烈的抨击和批判，从而推动了实学思潮的高涨。