可是这次在三员大将的主导和数万秦兵的虎视眈眈下，仅用了不到半个月，三大营的空额情况就查了个一清二楚。新任皇帝铲除阉党的雷霆手段，还有秦兵平叛的恐怖战斗力，给了三大营官军极大的震慑；本来皇帝没有将他们治罪已是网开一面，让他们感到庆幸，谁还敢在这个节骨眼上哗变？

清查的结果也是触目惊心。本来三大营每营各辖七十二卫，每卫下辖一个千户所，每个千户所又下辖十个百户所，每个百户所定员一百一十二人，三大营合计满额应为二十四万余人。可是实际清点的结果，大多数百户所兵力都不足定额的一半，有的百户所甚至就是个空壳子，连一个兵都没有。满打满算，三大营的实际兵力只有不到十万人。

就是这十万人，也大多是滥竽充数。三大营与其他官军一样，也实行军户制，当兵都是父子相传。做为京师卫戍部队，三大营甚少参与实战，自从“土木堡之变”和于谦领导的京师保卫战之后，基本上没打过什么仗，也没有像样的训练，战斗力极为松弛。

三千营和神机营还稍微好一些，因为三千营是骑兵，对付步兵还稍微有点优势；神机营以火器为主，守城的时候还能顶点用。可是兵力最多的五军营，却是彻头彻尾的“战五渣”，否则秦兵在平叛之战中也不会那么轻易就攻破京师坚城。

很显然，三大营需要整编。但朱由检考虑再三，还是没有采取像蓟镇和山海关那样的，把军户直接变成民户的精减政策。原因有二，一是三大营连官军带家眷人数太多，足有几十万人，规模远超蓟镇和山海关。其中很多家眷都住在京师城内，关系盘根错节，直接精减震动太大，也容易遭到京中大臣的反对。

二是不管怎么说，这些人好歹比普通百姓基础还强一些。京师是朱由检构筑的抗金全局中最重要的一环，需要大量兵力驻守，三大营这十万人尚且不够。与其先裁军再扩军，还不如充分利用现有的官军。

当然，以这帮人现有的素质，直接上阵肯定不行，搞不好还会起副作用。所以在朱由检的授意下，三员大将还是组织了一次军中大比武，矬子里拔将军，从近十万官军中勉强挑出三万还算有些战斗力的将士。然后将一万五千秦兵骑兵和陆续赶到的一万秦兵步兵、炮兵并入三大营。

如此一来，秦兵原来的建制就被打乱了。朱由检当然想按照现代编制方法，把三大营全部整编了。但三大营与秦兵不同，现在自己也不是山高皇帝远的藩王，而是大明帝国的最高统治者。如果对三大营进行改编，那就等于是对整个帝国的军事制度进行重大改革，肯定会阻力重重，现在还不是好时机。

经过重组之后，京师三大营共有官军五万五千。其中三千营骑兵二万五千，神机营一万，五军营二万。李定国和李来亨奉旨平定西南，所选一万精锐骑兵就是出自三千营。

剩下的六万多官军，虽然仍在军籍，但素质太差，一时半会是难以训练出来的。当然朱由检也不会让他们闲着吃白饭，他的政策是“解甲而不归田”！