尤其是朱由检命孙承宗放弃通州，更是遭到以东林系大臣为首的大部分官员的坚决反对。他们的理由有两条，一是通州是京师的东大门，如果通州不丢，后金军是打不到京师来的，所以守住通州就等于保证了京师的安全；二是通州物资丰富，放弃等于资敌。

其实还有两条理由，这些官员不好说出口。一是通州的富豪大户中，有不少人与朝中官员都有千丝万缕的联系。现在这些人被赶到京师，一旦通州陷落，他们的家产就全完蛋了，因此竭力撺掇官员们上奏，打算劝说皇帝改变主意，重新死守通州。

第二条理由就更上不得台面，因为这次撤退是孙承宗主持的。本来孙承宗虽非东林党人，但与杨涟、左光斗等东林旧臣关系都不错，对阉党迫害东林党人也抱有很大同情，否则他也不会在做了吏部尚书之后，大力举荐东林党人出任各种要职。

但随着时间的推移，东林系大臣在与皇帝的明争暗斗中，越来越觉得孙承宗是朱由检那一头的，又占据着吏部尚书这个至关重要的位子，所以就很想找个借口把他参劾下来，换上东林党人，那样东林党对朝政的控制就更强了。

但是孙承宗德高望重，平素做事又很谨慎，东林党人一时间也找不到合适的理由参他。这次主持通州撤退，可给了东林党一个绝好的机会，不单是都察院的御史言官，六部之中也有不少官员纷纷上奏，言孙承宗畏敌如虎，野蛮撤退以致怨声载道，必须予以惩治。

朱由检把所有奏章匆匆看过一遍，只沉着脸说了一句：“通州是朕要放弃的，尚书大人也是奉了朕的圣旨去监督撤退的。惩治孙承宗之议不允。鞑子大军很快就要开到了，朕还要去巡视城防，先退朝吧！”

说完他就撇下所有大臣，立即出宫赶赴天坛。在这里朱由检宣布，将天坛做为京师戒严期间的临时驻陛之所，鞑子不退走绝不回宫。因为天坛位于崇文门外，属于外城，而紫禁城则在内城和皇城之内。朱由检驻陛外城，那就是告诉京师全体军民：外城绝不会放弃，皇帝誓死守卫京师！

紧接着朱由检又下达了一系列旨意。第一条就是立即派出侦察部队，除了打探后金军的动向外，主要是搜寻郝永忠的下落。

第二条就是在安置通州及各地撤入京师的百姓，并命五城兵马司更加严格地执行戒严令，皇城警卫团和锦衣卫则负责皇城和天坛的宿卫。

第三条是三大营即刻接管京师防务，并任命孙承宗守北城，王在晋守西城，袁可立守南城，他自己亲自守东城。当然这个“守”的含义其实是督战，作战指挥权仍属五军营主将解胜。

第四条是立即把运回来的火炮送至军工厂试射。在此之前，军工厂早已获知这批火炮的口径等技术数据，并预制了一小批弹药。但在火炮运来之前，也不好大规模生产，因为只要尺寸稍有偏差，就根本无法使用。这批火炮将会在京师保卫战中派上大用场，朱由检自然极为重视。

正当他准备亲赴军工厂视察时，侍卫匆匆来报：“郝将军回来了！”