按照作战预案，城内其他人员听到下关方向激烈的枪声，不但不增援，却趁机从其他方向潜出或冲出南京城。
何来富早就安排其他部队策应梁子盛。刘庆和部在摩托快艇的掩护下向下关码头进攻，王一郎部向南京发动重炮轰炸，借来王焕凯的火力大队用刚装备起来的流星飞雷袭击大校场飞机场……
趁着混乱，梁子盛抢劫了两艘货船，沿江而下，逃回镇江。
梁子盛回到苏南根据地，发现自己带进南京城的1500多人，居然撤回了1100多人，战果除了70多辆摩托车其他的都无法统计，有过了半个月，又有不少士兵归队，总计阵亡57人，重伤45人，轻伤241人，失踪37人，打乱了西尾寿造的进剿计划。
上海方面，万子雄通过周大狗提供的情报，在吴淞口码头展开劫掠、破坏，用高爆流星飞雷炸毁了2座龙门吊，4个货堆，还纵火百余起，上海周边的忠义救国军和其他地方游击队也蜂拥而起趁火打劫，上海地区也是乱成一团。
毛子清刚刚筹建的军装被服厂、火柴厂、肥皂厂也被“袭击”，服装被服厂被“掳”走全部200多台缝纫机，火柴厂被“掳”走5吨日本进口的纯硫磺及一批其他原材料，肥皂厂被“掳”走成品肥皂1000余箱，甘油2吨……
陆敖与魏文扬里应外合把杭州也劫掠一番，摩托车、汽车都缴获不少，还有玻璃、炸药、武器弹药……
柳承海、柳毛儿、刘庆和、王一郎也都没闲着，根据地内整编、休整，加强防务，小股部队四出劫掠，像一批批准备过冬的仓鼠，积极的筹备物资。
周二狗有一批得力干将忙活，他倒现在比较清闲：师记伦、李金山、周大狗源源不断的提供情报，何来富就指挥各游击大队不断骚扰、劫掠鬼子，使西尾寿造自顾不暇；赵大虎忙着抽调兵源，整编、训练他的野战支队；向青云则忙于补充被赵大虎抽调的兵源缺口，并组织守备大队、民兵的补充、整编、训练；欧阳城忙着补充完善防空体系；武大郎、王丹月两口子也找到上手的机会，他们组织一批头脑灵活的江湖艺人，把部队军规、内务、训练、行军、驻防、作战的要领变成一段段顺口溜，总汇成“武穆军战胜诀”，在各部队传播，使士兵们、基层军官迅速掌握武穆军的行为准则，作战特点、思路；曾琪则在西山自救会和武穆军两头忙活，武穆军司令部、军校、地方学校、技校、基建、生产什么都管；李海阳经过几次战斗，自认自己正规严谨有余，灵活应变不足，不适合一线作战，与景玉坤对调，任宪兵大队大队长兼武穆军校教务长，景玉坤则早想去一线部队，就任野战支队步兵大队大队长兼宝华山守备大队大队长。
舒金堂现在才是武穆军中最忙的人：先是就着物料齐备，抓紧生产佛光飞雷，补足消耗，充实防空力量；接着拆回护卫舰上的轴承等特种钢，用来改善装备零部件，还用特种钢制造了一批玻璃刀，代替金刚钻的玻璃刀，供各部队抢劫鬼子的玻璃；大批损毁的三八式步枪要改造成奇光式冲锋枪，奇光式的零部件因为有了特种钢而大大提高了安全性、耐用性；铸造厂要把特种钢的边角料和轨道钢回炉混炼，炼成性能更好的工具钢；火药、炸药产能不足，只能用一批储备装备和国军换取；随着各部队送来大批玻璃，防毒面具还要增加产量；摩托车的到来，使摩托快艇的生产加速；陆敖从杭州的难民里找到一批龙泉的制刀匠，送给舒金堂，舒金堂又成立一个锻刀房，给骑兵大队生产马刀及其匕首、砍刀等作战刀具……
王紫微也在发愁，大批伤员需要救治，许多伤员伤口感染，以现有的消炎药治疗效果不佳，很多士兵对磺胺类消炎药过敏。
王紫微发愁，她的义父王老先生自然责无旁贷，翻遍了医书，寻找治疗过敏的药方。经过大量查阅资料，实验出3个验方，对不同过敏症状有效，同时还有意外收获。
王老先生从古书中看到一个偏方，过去的裁缝们用糨糊养出绿毛，涂抹在伤口上，能使伤口很快愈合，而且很少感染。他把这个偏方给士兵们一试，效果奇佳。
王紫微受过现代医学教育，明白绿糨糊治伤口很可能是霉菌在起作用，于是向师记伦要来几间房子，按不同温度、湿度有意识地培养“绿毛儿”。
王紫微将“绿毛儿”用在伤员的感染伤口，果然有效，但是也有副作用，有些伤员严重过敏，甚至引起死亡，同时这些“绿毛儿”不好保存。
王紫微权衡利弊，觉得这些“绿毛儿”还是利大于弊，过敏率不到10%，死亡率不到0.5%，而且“绿毛儿”的培养、使用方法还可以改进，过敏也可以用其他方法控制。
于是，王紫微和王老先生进行了分工：王紫微负责“绿毛儿”的培养、制剂研究，王老先生负责抗过敏验方的研究。
王紫微根据对微生物的知识，对“绿毛儿”进行改进：用高度发酵的软面蒸馒头做培养基，提纯“绿毛儿”的菌种，把“绿毛儿”用低温干燥灭活，调制在菜油里制成绿油膏，储存在干净的陶罐里，这种绿油膏既不影响药效，又便于储存、携带。
王老先生也研制出抗过敏的配方，只是药材不易采集，成本很高。马青翰也参与到绿油膏的研究，对使用绿油膏的过敏症状研究出几种抢救方案。
经过不断研究，王紫微、王长庚老先生、马青翰研究出解决危害士兵生命的抗感染的有效方法，并且由制药厂量产。“紫微牌绿油膏
”、“长庚牌抗敏散”“长庚牌抗敏丸”“长庚牌抗敏汤”，“青翰绿油膏过敏急救法”成了武穆军士兵的救命仙丹，拯救了大批武穆军士兵的生命。
围绕长江航道的一系列战事，使中日双方都元气大伤，进入相对和平的对峙，武穆军趁势发展内力：加速生产，加强教育，整备部队，筹集物资
一批现役军官经过武穆军校的培训和教导大队培训出的班长、技术兵补充进部队，一批作战后立功、受伤的基层军官、老兵被安排进武穆军校、教导大队集训、提升，一批中学的学兵也补充进部队，技校学生被补充进兵工厂。
各部队除人员外，装备也得到调整：各游击大队补充3艘摩托快艇，用以河流、湖汊等水上作战，同时骚扰长江航道；野战支队装甲大队缩减装甲部队为一个营，增加两个装备高射炮和卡车的反战车营；骑兵大队骑兵营缩减为两个，另组建一个装备重型猎枪、高射机枪和大车的轻反战车营……
军工生产处及所辖兵工厂除生产武器装备供应部队外，还向国军出售佛光飞雷、绿油膏、陶罐石灰雷等物资，换取铜料、机床等物资……