说起来，段祺瑞打心里压根就瞧不起黎元洪，在清朝时，段祺瑞曾做过提督，并且署理过湖广总督，可是黎元洪那时才不过是一个协统。 袁世凯做大总统的时候，黎元洪虽然是副总统，但段祺瑞是北洋系首屈一指的大将，在他眼中，黎元洪不过运气好罢了。袁世凯死后，如果段祺瑞不支持黎元洪，他根本登不上总统的宝座。

因为有这些观念，所以段祺瑞完全不把黎元洪放在眼中，黎元洪见到段祺瑞有如芒刺在背，二人间因此无法谐合。

黎元洪接任总统后，他认为小事可以不问，大事必须过问，这对段祺瑞是无法忍受的。段祺瑞本已苦于国会给他的困扰，使他不能独断独行，再加上黎元洪遇事总是掣他的肘，使他感到非常受不了。段祺瑞有时向他的亲信抱怨：我是要他来盖章签字的，不是请他来压在我的头上！

段祺瑞拥黎元洪为总统只是叫他盖章，这一点可以从段祺瑞的秘书长徐树铮的一句话中证实。

有一天，徐树铮拿了三个人事命令到总统府请黎元洪盖大印，黎元洪偶然问到这三人的出身和历史，徐树铮就很不耐烦地说：“总统不必多问，总理早已研究清楚，请快点盖印吧，我的事情还忙得很哩。”

说到这里，黎元洪似乎气得头上要冒出火来，他脸上发青地对徐彦卓说：“徐公子，你说，他们竟然如此公然目无总统，要这总统还有何用！”

徐彦卓点点头，却不发话。

徐树铮有才气但任性，段祺瑞能倚信徐树铮，实在很难得，可是徐树铮的缺点是跋扈，很难与人共事。这一点徐彦卓是早就知道的，当初在与白朗军交战的时候。徐彦卓就恼他这一点，专门将徐树铮要到了手底下，直到把他收拾的服服帖帖才罢手。

黎元洪就职总统后，任命段祺瑞为国务总理，这是段祺瑞的第三次组阁。段祺瑞组阁时有一个老问题，就是要任命徐树铮为国务院秘书长，黎元洪也是坚决不同意的。

徐世昌怕黎元洪、段祺瑞两人因此闹僵。乃亲自去见黎元洪：“我以为你一万件事都可以不依从他，这一件非依从他不可。不要怕又铮跋扈，芝泉已经够跋扈的了，多一个跋扈也差不了多少。”

徐世昌的话一点也没有错，段祺瑞有没有徐树铮都是一样，他的眼中根本就没有黎元洪。

当黎元洪同意徐树铮为国务院秘书长时，有一个保留条件，就是规定国务院秘书长来见总统时，须先知会总统府秘书长一同入见。

这个规定也是令人不解的，原来。黎元洪做总统后，段祺瑞从不以总理身份去见总统，而是由国务院秘书长前往。徐树铮见黎元洪时也并不尊敬，黎元洪有时问起某一件公务时，他总是这么说：“现在是责任内阁制，有总理负责，总统不必多问。”