军制改革还有一项很重要的改变，那就是以路为基础，在全国范围内，实行大规模的军卫筹建，依照地理环境的因素及位置的重要性，设立一个或者几个军卫。

军卫由原先禁军组成，每个军卫相当于后世时候军区及集团军的结合物。

军卫的掌管，由兵部司下的兵部司负责，但兵部司只有掌管的权力，并没有调遣各军卫的权限，要调动一支卫军，必须有朝廷的诏令才可以。各军卫的军饷和军需物资，京军通过户部直接划拨，边军则由户部通过各州府发散，月俸分等发给。这样各军卫与地方互不统属，州官有管理物资的权限，但手中无兵；军队有兵，但钱粮的来源都要经过州府。

这样可以在很大程度上改变一地官员或者武将兼任军政长官的情况出现，极大消除内乱的产生。

王晨制定的军事与民政分开的改革方法，得到了李纲的大力支持。

朝中原本有担心的大臣，他们的反对意见也慢慢被消除。

而在军制改革开始后，其他方面的改变也在进行之中。

王晨认为，唐朝时候设立的三省六部制比宋朝时候这般复杂的官制要优越，只要三省六部各司其职，那效率比宋朝时候要高，相互制约程度也比宋朝时候的官制要好。

李纲虽然不是完全赞同王晨的想法，但他也认识到现在的大宋官僚机构确实太复杂，官员数量太多，每年朝廷在官员俸禄方面的开始非常巨大，政府机构及官员数量需要精简。

既然有这样的想法，王晨又想撤销枢密院，那就先将枢密院和兵部合并后，再看看效果如何。

三省六部的职权也再次明确，宋朝时间各省及各部长官基本是虚职，实际事务由副职，也就是侍郎担任的情况，也开始改变。

改革进行后，李纲出任中书省长官中书令，张浚出任门下省长官侍中，尚书省长官尚书令由王晨担任，并兼任了枢官院使、兵部尚书职，他们三人，成为大宋实际的宰相。

知枢密院事由折彦质和宗颖担任，吕好问任门下侍郎，吕颐浩为中书侍郎，赵开任户部尚书，胡寅任礼部尚书，秦桧任吏部尚书，赵鼎任工部尚书，朱胜非任刑部尚书。

殿前三司展前司、侍卫马军司、侍卫步军司依然保留，但只是作为禁军编制之用，其编制规模也大幅度削减，各只有五万人马。但这十五万人马，皆是大宋军队近百万禁军中最精锐之兵组成。他们负责拱卫京师的安全，其成员从全军禁军中选拔而成，无论是兵员组成及装备，都是全军中最精良的。

各司都指挥使也都重新任命，被召回的吴璘出任殿前司都指挥使，虞允文出任侍卫马军司都指挥使，王德出任侍卫步军司都指挥使。

在军制改革开始的时候，王晨也计划筹建军校。穿越之前一直在军中服役的他，深知道军校的建议对一支军队战力提高的重要性，因此他非常看重军校的建设，亲自主管这件事的筹备。大宋军队中，目不识丁的将领数量很多，这是必须要改变的情况。

王晨也主张重新设立武举制度，以选拔骁勇善战的军士。

这些计划在朝议时候经过一番争论后也即将开始实施。

因为需要改变的东西非常多，一系列的变动在朝野之间引起的震动非常大，遭到的反对也是非常多，上表弹劾王晨、李纲、张浚的折子连续不断。但任何人的弹劾都没效果，无一例外全被驳回，而在王晨、李纲、张浚的主导下，台谏制度的改革也开始进行。

这是在李纲和张浚的相互争执中而展开的。