只有步枪更多还只是大刀长矛的日本军队，哪里能是装备精良、有着各种口径火炮甚至是大口径舰炮的八国联军的对手。对战（连激战都算不上）不过两日，八国联军先头部队的英国陆军首先进入东京。随后东京城防全面失守，八国联军朝着战前议定的不同占领区前进。
八国联军东京分成不同的占领区，皇城西北由德军占领，皇城西南由英军占领。皇城正东是清军占领区，东北由美军、法军占领，南部则由俄、意、奥三国占领。外城由英军、美军、德军占领，实行军事统治。。
不得不说的是，抵抗的日本独立军前仆后继和向联军发起袭击，即使被捕也是威武不屈，视死如归。但也就是这些独立军不断的袭击最后造成了八国联军在占领东京以后大肆屠杀。
然而在此时，清国在战前向日本增派的朝鲜第一师也到了东京。大清作为藩属的朝鲜军队战斗力一直倍受大清指责，他们竟然连琉球师都比不上。所以为了证明朝鲜军队的战斗力，刚入城的朝鲜军在抓捕到日本人后便施以各种酷刑，试验一颗子弹能穿几个人，或者故意向身体乱射，让人身中数弹才痛苦地死去。杀人时，八国联军全副武装“监斩”，从各个角度照相，企图恐吓日本人民，如今成为八国联军罪行的铁证。而八国中的清国却换成了朝鲜。
八国联军经常强指人说是日本独立军。不由分说加以杀害。联军把伏见宫亲王府放火烧光，当场烧死1800人。德国侵略军奉命“在作战中，只要碰着日本人。无论男、女、老、幼，一概格杀勿论”。法*队路遇一队日本人，竟用机枪把人群逼进一条死胡同连续扫射15分钟，不留一人。
大清第六师按照标准的军规矩进军和驻扎，至于朝鲜人所作所为视而不见。不是清军不喜欢杀戮，而是没空呀。熟门熟路的清军称着夜色将日本国库最后的80吨黄金中的53吨、两百万两白银中的120万两率先运走。
很多年后，据日本的一些记载说：“城破之日。洋人杀人无数；但闻枪炮轰击声，妇幼呼救声。街上尸体枕籍。”英国人记载说：“东京成了真正的坟场，到处都是死人，无人掩埋他们，任凭野狗去啃食躺着的尸体”。八国联军侮辱妇女。任意蹂躏，据记载：“联军尝将其所获妇女，不分良曲老少，仅驱诸裱褙胡同，使列屋而居，作为官妓。其胡同西头，当经设法堵塞，以防逃逸。惟留一头为出入之路，使人监管。任联军人等入内游玩，随意奸宿。”……
(将上文中的日本换成中国，就是八国联军在北京干的事。国弱被人欺。千百年来皆如此。)
整个东京唯一安全的地方只有日本皇宫，因为在战前清国明确的表明态度：日本王室也是大清皇帝的亲眷，各国联军不得侵扰，日本王更是大清皇帝所封，虽冥顽不灵，但联军不得对日本王宫进行占领。但不占领不代表不会搜查。按战前协议，日本王宫归属清国管理。于是清军冲入日本王宫。将躲藏在王宫内的伏见宫贞爱亲王敦宫，于东京街头凌迟处死。据后人口述，清军搜查完日本王宫后，宫中侍女少了一多半。
当东京城主要战事结束，东京被正式占领，八国联军司令霍斯特下令全军放假三天。这是默许各军士兵可以公开抢劫的三天，整个东京城遭到了空前的浩劫。除日本王宫外，八国联军将各类珍宝抢光以后，以搬取大件之物，用大衣包、布袋装，运回驻地。日本遍地的寺庙也被光顾，镀金铜佛、锦绣制品、铜器，就连靖国神社前存水的铜缸上面的镀金，也被联军用刺刀刮去，至今刮痕斑斑。法国天主教主教樊国梁从一个官员家里抢走价值100万两白银的财物，法国侵略军统帅佛尔雷一个人抢劫的珍贵财物就有四十箱。法军抢劫日本王府及官家中财物多达白银200万两。整个的商店被抢掠一空，尤其是各大金号全部被抢。整个东京房屋被焚毁十分之七八，尤其是俄、意、奥三国占领的东京南部几乎全部被毁。
当时一位目击者写道：“各国洋兵，俱以捕孥独立军、搜查枪械为名，在各街巷挨户踹门而入，卧房密室，无处不至，翻箱倒柜，无处不搜。凡银钱钟表细软值钱之物，劫掳一空，稍有拦阻，即被残害。”一个英国人说：“凡是士兵所需要的，都是一派出一队一队的士兵去抢劫日本人的财产而得来的。如果士兵需要一些东西，而日本人稍一迟疑的话，就免不了送命。”
联军在日本肆意的劫掠，日本人也在独立军余党的鼓动下对联军士兵进行各种各样的袭击。黑枪暗箭都算是简单货色了，那种用在山林里打老虎黑熊的兽夹、毒药，甚至贞烈一些的日本女性生生的将洋人那货给一口咬了下来。在联军占领东京的十五天内，联军在这样不间断的打击下损失惨重。英军死伤近三百余人，英法德美等国伤亡过百，伤亡最惨重就是意大利了，总共只有85人的意大利军至今已经伤亡43人，损失过半。
整个东京唯一相对平稳点的地方就是清军占领的城东地区，清军自己很少出营地。这必竟是一个全球*件，将来的历史一定会记载这次八国联军进东京的点点滴滴。虽然光绪很想为南京报仇，但那群该死的大臣们没一个同意。什么杀俘为不祥、杀平民为不义，中华自古为礼仪之邦等等诸多理由。所以驻日清军不敢肆意妄为。于是整个城东地区实际交由藩属国朝鲜军占领，财货自然有朝鲜军上交，他们要上缴四成的收入给清军。至于其它乐和的事。咱犯不着跟那群未开化的洋人一样不分良曲老少，咱有高级货，要不然你以为日本王宫那少了一多半的侍女去哪了。
朝鲜军在城东肆意耍乐，但依然较好的执行了清军不杀平民不烧房屋不随意奸淫等条令，于是整个东京无处可处的东京市民渐渐开始向城东汇集，至少城东还能保的了一条命。但随之而来也有日本独立军的人，他们在隐藏在人群中寻机向清朝军人进行偷袭。清军很少出营。财货有朝鲜军进贡，物资有朝鲜军补给。营中也有乐子。何必打打杀杀遭人厌烦，再说军规森严，还是不要触犯的好。
在此其间，企图瓜分日本国库的八国联军打开位于清国占领区的日本国库时。发现日本国库仅余残羹剩渣。面对七国的指责，清军开放军营和军舰任由八国调查团搜查却什么也找不到。于是八国联军将火发泄到日本人头上。
也许就是清国过于平和，日本独立军的气焰越发嚣张，他们频繁出击，用各种武器和陷阱对清朝军人进行狙杀。日本东京大清占领军指挥官、大清皇家陆军第六师师长刘盛休三次出面朝日本市民讲话。大清此次进入东京实争对非法的所谓日本独立军而来，希望日本民众不要包庇这些叛乱分子，主动举报。然而这并没什么鸟用，看到自己国家的首都被占领、民众遭到肆意屠杀和奸淫，谁心里还没能有个火。
就在八国联军进驻东京一个月后。当清国无辜伤亡达到第十五人时，刘盛休再一次向占领区的日本人喊话，然而他才一露面就遭到枪击。幸好打中的仅是他的一位亲兵，于是刘盛休第四次的讲话还没有开始就结束了。当天入夜时分，清朝两军都接到命令全部回营。
凌晨三四点的时候，正是人睡的最熟的时间。就在此时，清朝两军大营大门打开，总数两万四千多人的清朝联军将所属的占领军分割为十块。将还在睡梦中的日本人赶了起来，让他们在广场、街道上开始大量挖坑。稍有反抗当场屠杀。虽然少数人一开始就知道这是在给自己挖坟墓，但大量日本人迫于清朝军的威慑，不得不拿起手头简陋的工具开始挖坑。
清军在挖坑？清军这是要干什么？其它七国联军耍乐了一个多月依然没有玩够，但大量日本人逃入清军占领区让其它七国士兵少了很多乐子，为此他们曾要求清军驱赶占领区的日本人遭到拒绝。今天突然传出一直很“老实”的中国人突然在挖坑，这让其它七国心生好奇纷纷前来观摩，然而这一挖就挖了整整一天。