上游明军在武昌集结，向九江、南昌等地发起进攻。原本九江和南昌城内的清军守军就已经不多了，只有地方绿营和民壮，都不算正规军。琼州军势如破竹，所到之处，各县城的县令不是出来投降的，就是抵抗被杀。

现在的琼州军攻打一座小县城根本就不在话下，架起大炮一轰，城门就破了，城墙垛口被轰得七零八落。城内守军本来就没多少，明军用火枪手和神箭手结阵，在城下压制，随后派遣炮灰蚁附攻城，转眼之间即可拿下。碰上不肯主动开城出来投降的县令，抓住之后都是当即斩杀。

明军攻到了九江城下，九江知府开城投降，明军兵不血刃攻克了九江。

攻打南昌的时候，却遭遇了清军顽强的抵抗。汉八旗出身的江西巡抚董卫国，江西布政使司佟国祯，南昌守将满洲都统根特，绿营总兵赵登举、吴友明，绿营副将许盛、杨以松等人，组织了顽强抵抗。城内有满蒙八旗五百余人，汉八旗一千余人，绿营兵五千余人，另外董卫国还招募了民壮两万余人，企图凭借南昌城坚固的城防顽抗到底。

围攻南昌的明军达到了十二万大军，有琼州军战兵一万，收编的粤军战兵两万，闽军战兵两万，水师两万，辅兵民壮五万。

自从耿精忠归顺了大明之后，他就成为了闽军主帅，曾养性、马九玉、白显忠等一批原闽军将领也都归了耿精忠管辖，加上耿精忠从南京带来的将领徐文耀、王世瑜等部件，闽军这时候也算是一支实力不弱的军队。

由于王新宇有意培养闽军实力，用来压制粤军，所以耿精忠的兵力超过了粤军。粤军自己内部，又有尚之信和尚之孝的内斗。

而以耿仲格为首的一批人，原本是想要王位。可是现在耿精忠来了，耿仲格见到自己要王位已经没有希望了，干脆就带着本部人马脱离了闽军，直接加入琼州军。

攻打南昌，王新宇都没有自己带兵了，只是让部将王[辅]臣和弟弟王子豪带兵，由姚启圣当军师，率领大军抵达南昌城下。而王新宇自己却和本部军师王余佑坐镇武昌城，负责收集粮草，准备军饷，为即将到来的襄阳和安庆等大战做准备。

南昌城下，炮声隆隆，明军开始了攻城战。

城内的守将董卫国和佟国祯拒绝了明军的劝降，在明军给出三个时辰的最后通牒时间到之后，明军就开始攻城战。

琼州军集中了一百多门大炮，对着城头一阵猛烈轰击。之后粤军和闽军争先恐后的向城墙发起进攻。辅兵推着盾车抵达城下，填埋护城河。

不过南昌城的护城河是依托东湖和赣江修建的，护城河引了赣江和东湖水灌入，该护城河宽度达到了十一丈，水深为一丈五尺。尽管比不上襄阳和北京的护城河，不过南昌护城河也算比较宽比较深，而且是活水，填平的难度比较大。

南昌城也算是相当坚固的一座城池，南昌城墙号称章江堤，高一丈五尺，是用石头堆积而成的，使用桐油、石灰和糯米粘合而成，城墙十分坚固，用大炮都很难轰塌。城头的垛口是用柴烧石砖构筑，十二磅以下的野战炮轰上去，垛口都很难炸开。各城门内有瓮城，城门里面设有千斤闸。