趁着这个“机会”，朱由检又宣布了一项重要措施：在京师临时施行义务兵役制。具体做法是不分官民、户籍，只要是京师户口的，每户凡是被选到，必须出一年龄在十五岁以上，六十岁以下的男丁，加入新组建的“新军营”，服役一年。除非这一户没有符合条件的男丁，才能豁免兵役。

义务兵役制，也是朱由检对大明军事制度的一项重大改革。其实这种兵役制度古已有之，名为“征兵制”，是与募兵制相对的一种筹集兵源的制度。所谓“征兵”，就是强制符合条件的国民从事军职；而募兵顾名思义，就是花钱招兵，愿者参加。

这两种兵役制度各有优缺点。征兵制的优点是几乎全体国民都在应征范围之内，最起码兵源数量充足；而且成本较低，因为征兵是强制性的，只要让士兵能吃饱饭就行了。

征兵制的缺点亦很明显，一是兵源质量良莠不齐，战斗力难以保证；二是因为强迫入军，士卒的意志力和战斗精神普遍较差，基本上就是在混日子；三是战争频繁时，老百姓都知道当兵就意味着死亡，会出现大量的逃役情况，官府就不得不“拉壮丁”。

而募兵制截然相反，优点一是兵源质量高，因为参募者一般都是身强力壮、好勇斗狠的人；二是忠于领军将领，敢于死战，因为将领就是他们的“老板”，只要作战勇敢，就有大把的粮饷可拿。

至于缺点，一是兵源不足，尤其是当百姓生活水平较高时，本来自己日子过得不错，谁吃饱了撑的豁出命去当兵？二是募兵成本高，需要大量的真金白银，对财政是一个沉重的负担；三是所募之兵容易成为领兵将领的“私兵”。

在中国历史上，征兵制和募兵制都不乏先例，像战国、秦、西汉都属于征兵制，而东汉、唐代中后期、两宋时期，都属于募兵制。

而明代的“军户制”，非军户者不用服役，军户则世代服役，可以视为一种有限范围内的征兵制。但是现在军户制已名存实亡，各地的民团、乡勇实际上都是募兵，就连朱由检创建的秦兵也是募兵。至于传统的军户，因为生存不下去逃亡的占了一大半，剩下的战斗力也严重退化，而且可征之兵越来越少。在经历了萨尔沪之战、广宁之战等几次惨败后，明军消耗了大量兵力，兵源已经出现了枯竭的迹象。

在兵源枯竭、财政困难的情况下，朱由检知道自己只有一个选择，那就是普遍征兵，也就是义务兵役制。但这项制度改革，无疑是动摇了明朝户籍制度的根基，他也预料到旨意一下，必然会遭到激烈反对。

果不其然，就在第二天清晨，上百名官员齐聚天坛，联名上奏，请求皇帝撤销征兵决定！